肺结核的治愈标准，是以痰结核菌检查为主要考核指标。因为结核菌是结核病的病原菌，只有结核菌被消灭，才能控制传染源。在化疗过程中观察痰菌的变化比观察X线变化要敏感。
对于痰菌阳性的肺结核病人，在完成预定的疗程，最后2个月连续痰菌阴性，即为阴转治愈。
对于痰菌阴性肺结核病人，在完成预定的疗程，痰菌仍然阴性者，为满疗程治愈。
对于痰菌连续阴性(或连续阴转)，病变全部吸收或无活动性，空洞闭合达半年以上者；如残留空洞，则需满疗程停药后，痰菌连续阴转达一年以上者，为临床治愈。
对于临床治愈的肺结核病人，经2年观察X线无改变，痰菌持续阴性，即为临床痊愈。
肺结核病灶彻底消除，包括完全吸收或手术切除，或经确定病灶内已无结核菌存活，即为病理学上的真正的治愈。
此外，肺结核有三种治愈标准：
一是“解剖治愈”。肺结核发现早，病变范围局限，而且是新鲜的“渗出性病变”，这是一种“可逆性”病变。采取合理的抗结核治疗，肺部病变完全吸收，肺部不留任何痕迹，称为“解剖治愈”。
二是“临床治愈”。绝大部分肺结核病人被发现时已错过了“解剖治愈”的机会，因病变已不那么局限，肺内已形成了一些病变后“修复性改变”，也就是疤痕形成。即x线的片上所见到的“斑片状”、“索条状”、甚至“硬结钙化”阴影，且随疾病的好转其“密度”越来越高。胸片显示曾经患病处的阴影与正常组织的分界线愈益清晰，此时已达临床治愈，但肺内还残留一些疤痕组织，属“不可逆”的改变，永远不会消失，就好象皮肤上长脓疱，好了以后留下一个疤痕一样。不同的是皮肤上的疤痕内不含细菌，而肺结核临床治愈后的疤痕内可能存在着细菌，这种细菌它不活但也没死，处于一种半休眠或休眠状态，可以称为今后结核复发的“祸根”。药物不能将其百分之百的消灭，但可以依靠人体自身免疫力将其消灭，那时候就达到了所谓“生物性治愈”。
达到了生物性治愈，从现论上只要不重新感染结核菌，经过一段时间，患者的结核菌素（OT）试验，或PPD皮试也将转为阴性。而此时肺内疤痕阴影依然存在。不少人，甚至包括不少医务人员对此不甚了解，认为肺部留有阴影就一定要抗结核治疗，直至阴影退缩，有持续服用抗结核药物长达二、三十余年之久者，其中一部分是完全不必要的。
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