乱用抗生素导致肠道菌群失调，大量的酶在鸡胃肠道内的发育成熟期活性较差，但营养需要相对较高，肠道负担重，造成胃肠调节机能较差，免疫功能相对不够成熟。
病原微生物大量繁殖，水线内生物膜蓄积过多，细菌大量滋生。如果是此原因导致鸡群发生腹泻时使用抗生素进行治疗会好转，但是停药后立即复发。
生物胺对鸡的危害主要取决于其含量的高低，饲料蛋白质以及动物副产品被细菌降解增加而使饲料中生物胺浓度增高，品质越好或存放越久的饲料越容易造成生物胺含量的增高，使肠道内皮损伤和腺胃的肿胀。还有一个重要的原因——饲料中霉菌毒素的存在，由霉菌引起的腹泻。
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